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À la fin du XIXe siècle, au Japon, de nombreuses techniques manuelles coexistaient sous différentes appellations. Le terme « shiatsu » a été utilisé pour la première fois en 1920.
La pratique du shiatsu s’est ensuite diffusée à travers différents enseignants qui ont perfectionné le shiatsu en fonction de leur propre expérience. C’est ainsi que plusieurs styles sont nés avec des orientations différentes (traditionnelles, énergétiques, intégration de techniques d’ostéopathie ou de chiropractie importées de l’Occident, etc.)
La première clinique utilisant des protocoles de shiatsu fut ouverte à Muroran (Hokkaido) dès 1925 par Tokujirō Namikoshi, l’un des précurseurs du shiatsu.
En 1955, il obtient pour son école, la licence officielle du ministère de la Santé et du Bien-être japonais. Le shiatsu bénéficie alors d’une grande notoriété.

Le Shiatsu joue dans le domaine de la santé japonaise un rôle comparable et complémentaire à ceux de la Kinésithérapie en France, des Heilpraktiker en Allemagne ou de l’Ostéopathie aux USA.
En Europe, le Parlement européen reconnaît le shiatsu comme une médecine complémentaire digne d’intérêt et invite les États membres à les intégrer. Le shiatsu est ainsi reconnu en Autriche et en Suisse, notamment. En France, l’État reconnaît le titre professionnel de « spécialiste en shiatsu » depuis 2015.